红花木莲苗期主要病害有立枯病和根腐病。立枯病多在幼苗出土后的初期发生，因幼苗的根茎部幼嫩，易被立枯病侵染，立枯病防治方法：
⑴用0.5%的硫酸亚铁溶液或1000倍的等量式波尔多液，隔10天喷洒一次。
⑵已发病的植株，可用800倍的退菌特药液喷洒幼苗，隔7天喷洒一次进行防治。
根腐病防治方法：
⑴苗木出土后，在不影响苗木生长的情况下，应少浇水，以不利于发病。
⑵对已感染的病株，立即带土挖除，并在病株周围1米范围内进行土壤消毒，药剂可用50%的苯来特可湿性粉剂1000倍液浇灌。
虫害有小地老虎、蛴螬，它们为害幼苗的根茎部。
小地老虎防治方法：
⑴除草灭虫，保证苗地无杂草，可消灭部分虫卵和幼虫。
⑵鲜草诱杀，用多汁的鲜草或莴笋叶切短，以鲜草、敌百虫按99.5：0.5份拌成鲜草饵，放入苗地幼苗附近，隔一定距离撒一小堆，诱杀幼虫。
⑶药剂防治，50%辛硫磷乳油1000倍液喷洒苗地。
蛴螬防治方法：
⑴黑光灯诱杀，在雌成虫大量产卵之前进行。
⑵在成虫发生期，喷施90%敌百虫原药1000倍液。
