2005年，日本对植物新品种保护法进行修正，一方面扩大了保护范围，将一部分加工产品也纳入其中；另一方面延长了保护期限，即从品种登记开始，木本植物延长到25至30年，其他植物延长到20至25年。
迄今为止，日本发生育种者侵权事件占其保护品种数量的27％，其中发生在日本国内侵权事件占总数的89％，国外的占11％。育种者权利的执行既是育种者的权利，也是责任，应该用法律的手段完善育种者权利保护的整体环境。可行的法律基础就是植物品种保护条例和边境政策，前者如《种子和种苗保护法》，它对侵权行为作了民事赔偿和刑事规定，民事赔偿包括直接损失和名誉损失的赔偿。刑事规定于2003年修正后规定：对于侵权者，普通人处以3年以下的关押或300万日元的罚款，执法人员处以1亿日元的罚款；后者如《关税法》，2003年修订的《关税法》规定，凡是对植物育种者侵权的进口商品，都属于禁止进口的范畴；从2005年开始，凡是侵权的商品也不得出口。
为进一步杜绝侵权行为，日本也采取了大量针对性很强的措施，如制定专门的宣传手册，支持“植物新品种保护政策论坛”，向种植者收集侵权事例资料，扩大植物品种保护顾问（PVPG－Men）的队伍等。而对于国外育种者的侵权行为也有相应的策略，如与海关部门合作，完善和推行DNA品种鉴定技术，拓宽享有育种者权利的产品范围，设置国外的品种登记处，支持育种者权利在国外的执行，在国外组建政府和民间组织联合代表团等。今年2月5日至8日，日本已相继在中国和韩国建立政府和民间组织的联合团，以加强育种者权利在两国的行使。
事实上，植物育种者权利应是以国际植物新品种保护联盟（UPOV）为核心的统一体，但目前各国在权力执行上还存在差异。日本已经决定在今年11月15日至17日召开关于植物育种者权利执行的国际会议，邀请UPOV成员国和组织一起交流经验，使植物育种者权利的执行更有效。
目前，日本通过本国检测标准的植物保护数量是470例，其中125例符合UPOV的检测标准，其他绝大部分的标准没有与UPOV统一，这给国际间的合作造成了障碍。日本也表示将根据UPOV标准逐步修订本国检测指标，以加强国际间的交流与合作。具体包括申请书的形式、测定标准的命名、申请使用英语等。同时，日本倡议学习欧盟的品种保护模式，建立亚洲PVP合作的网站，来促进合作。当前，日本已与欧盟、韩国、中国、新加坡等国家开展相关合作。
